Passaram dez anos desde o Verão em que o Tai, o Agumon e os outros viveram a sua aventura no Mundo Digital. A existência das Crianças Eleitas tem sido gradualmente reconhecida pelo mundo inteiro, e ver Digimon no mundo real tornou-se em algo menos invulgar. E agora, os amigos seguiram os seus próprios caminhos. Entretanto, quando um Digimon chamado Eosmon começa a causar incidentes por todo o mundo às Crianças Eleitas, Menoa e Imura, especialistas que estudam os Digimon, pedem ajuda ao grupo.